Puisque le compromis est impossible, il faut se résoudre à la tolérance civile pour éviter la guerre. En janvier 1562 un édit royal signé à Saint-Germain-en-Laye accorde aux protestants la liberté de conscience et de se réunir publiquement, de jour, hors des villes. Seul le culte privé est autorisé au sein des villes. Interdiction en revanche de s’assembler en armes, obligation de restituer les églises qui avaient été occupées mais interdiction de bâtir des temples. Les synodes et consistoires sont eux, autorisés. Cet édit a le mérite de reconnaître l’existence du protestantisme dans le Royaume : les protestants n’auront pas mieux avant le fameux édit de Nantes plus de trente cinq ans plus tard. Ils jubilent et croient la victoire toute proche(5).
Mais si le colloque de Poissy était le signe d’une espérance de coexistence entre deux confessions au sein du même royaume, elle fut chassée à peine trois mois après l’édit de Saint-Germain par la radicalité des deux partis. Le 1er mars 1562, les Guise commettent le massacre de Wassy, première étincelle du brasier des guerres de religion qui devaient durer quarante ans(6). Quant aux protestants, ils refusèrent de restituer les églises et tombèrent dans un violent iconoclasme.
Autre conséquence de ce colloque et de cet édit : les travaux du concile de Trente reprennent et se montrent toujours plus radicaux sur des sujets rejetés par la Réforme (statut des clercs, reliques, culte des saints, purgatoire). Enfin, les jésuites, venus en France pour participer au colloque peuvent dès lors s’y installer et prêcher la contre-réforme.